وزارت دفاع جمهوری اسلامی خبر ترور محسن فخری‌زاد را تایید کرده. فخریزاده در فهرست افراد تحریم‌شده از سوی آمریکا بود و بنیامین نتانیاهو در یکی از اشاراتش به برنامه هسته‌ای ایران نام او را عنوان کرده بود.
روابط عمومی وزارت دفاع جمهوری اسلامی ایران بعدازظهر جمعه، ۷ آذر خبر ترور محسن‌فخری‌زاده را تایید کرد.
به نوشته بیانیه این وزارتخانه، “عناصر تروریست مسلح خودرو حامل محسن فخری زاده رییس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع را مورد حمله قرار دادند. در جریان درگیری تیم حفاظت ایشان با تروریست‌ها آقای محسن فخری زاده به شدت مجروح شد و بیمارستان منتقل گردید.”
بیانیه در ادامه می‌نویسد که “تلاش تیم پزشکی برای احیاء فخریزاده موفق نبود.”
سرتیپ امیر حاتمی، وزیر دفاع ایران نیز در یک مصاحبه تلویزیونی در توضیح جزئیات ترور فخریزاده گفت که “در این حادثه تروریستی ابتدا یکی از تروریست‌ها اقدام به تیراندازی به خودروی فخریزاده کرد و چند ثانیه بعد خودروی نیسان حامل مواد منفجره که در نزدیکی خودروی فخریزاده (حدود ۱۵ تا ۲۰ متری) بود، منفجر شد.”
به گفته حاتمی علاوه بر فخریزاده یکی از محافظان او کشته شده و دو محافظ نیز مجروح شده‌اند.
پیش‌تر خبرگزاری فارس هم با تایید خبر ترور فخریزاده محل این ترور را بلوار مصطفی خمینی شهر آبسرد در نزدیکی دماوند اعلام کرده بود.
سازمان ملل سال ۱۳۸۳ در یکی از قطعنامه‌های خود درباره برنامه هسته‌ای ایران برای اولین بار نام فخریزاده را به عنوان عنصری فعال “در فعاليت‌های هسته‌ای يا موشک‌های باليستيک” ایران مطرح کرد.
آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز در گزارشی از فخریزاده به عنوان یک مقام اجرايی برنامه موسوم به «آماد» یاد کرد که در زمینه مواد منفجره و فناوری‌های تجهيز موشک جهت سوار کردن کلاهک فعال بوده است.
نام فخریزاده تحت عنوان «دانشمند ارشد وزارت دفاع و پشتیبانی نیرو‌های مسلح و رئیس پیشین مرکز تحقیقاتی فیزیک (PHRC)» در تاریخ ۲۴ مارس ۲۰۰۷ میلادی، در فهرست تحریم شدگان ایران توسط شورای امنیت سازمان ملل قرار گرفت. این تحریم در پی امضای برجام لغو شد. نام او ولی در فهرست تحریمی‌های آمریکاست.
اردیبهشت ۱۳۹۷ که بینامین نتانیاهو، نخست وزیر اسرائیل انتقال اسناد انبوهی از برنامه هسته‌ای ایران به خارج را اعلام کرد از محسن فخریزاده به عنوان چهره‌ای محوری در برنامه هسته‌ای و موشکی ایران یاد کرد و گفت که “نام او را به یاد داشته باشید.”
روزنامه آمریکایی نیویورک تایمز ساعاتی پس از ترور فخریزاده به نقل از “سه مقام اطلاعاتی” نوشت که اسرائیل در این حمله دست داشته است. نیویورک تایمز نامی از این مقام‌های اطلاعاتی نبرده و ننوشته که آنها آمریکایی هستند یا اسرائیلی.
این روزنامه در ادامه گزارش خود می‌نویسد که معلوم نیست که “آمریکا تا چه میزان پیش از انجام این عملیات از آن مطلع بوده ، اما آمریکا و اسرائیل دو متحد نزدیک هستند و سابقه‌ای طولانی در به اشتراک گذاشتن اطلاعات درباره ایران دارند.»
آژانس بین‌المللی اتمی در گزارش‌هایی نوشته بود که راه‌بردن به ابعاد واقعی برنامه هسته‌ای ایران بدون گفت‌وگو با محسن فخریزاده ناممکن است.
